L'esposizione permanente del Museo non ha una sezione dedicata alla botanica. Il settore si impegna dunque a divulgarne i temi soprattutto attraverso l'allestimento o l'adattamento di mostre temporanee tematiche, come ad esempio la recente esposizione "Metamorfosi botaniche – Il linguaggio artistico di Ruth Moro" (dicembre 2018 - agosto 2019).

Il settore botanica s’impegna inoltre a divulgare i temi relativi alle sue attività mediante l’organizzazione di escursioni botaniche rivolte ad un pubblico più ampio, la redazione di testi divulgativi, la partecipazione a programmi televisivi e radiofonici e la realizzazione di sentieri e percorsi naturalistici.