Come richiesto dal Gran Consiglio (GC), dal Consiglio di Stato (CdS) e dall'Autorità federale (DATEC), la fase della realizzazione è seguita da una struttura di controlling.

Il controlling ha il compito di monitoraggio dell'insieme del progetto, con elaborazione dei dati a favore dei responsabili della gestione del progetto.

Gli obiettivi generali sono il controllo e la realizzazione del PTL su mandato del committente (DT), in modo tale da raggiungere gli obiettivi dell'Autorità politica (GC e CdS), con particolare attenzione al rispetto dei termini, dei costi e della qualità richiesta nonché l'individuazione precoce di cambiamenti nelle condizioni quadro (finanze, procedure, difficoltà tecniche, ...) e l'informazione tempestiva dei responsabili con proposte e misure correttive.

Il controller supervisiona e sostiene i responsabili ai vari livelli nel raggiungere gli obiettivi. Esso ha accesso a tutti i dati di progetto, ma non ha facoltà di comando e non si assume responsabilità politiche. Il suo dialogo regolare con il direttore di progetto, con i responsabili dei sottoprogetti e con il committente assume un carattere determinante per la riuscita dell'opera e per lo svolgimento della funzione di controllo, così come definito dal mandato.