Il compito principale della Sezione della mobilità è quello di promuovere una politica coordinata dei trasporti attraverso l'elaborazione di indirizzi e pianificazioni generali e settoriali (rete stradale, trasporti pubblici, percorsi ciclabili, sentieri escursionistici, mobilità aziendale e mobilità sostenibile), nonché di seguire e accompagnare alcuni progetti di rilevanza nazionale (AlpTransit, Programmi di sviluppo strategico dell'infrastruttura ferroviaria).