La Collezione permanente della Pinacoteca riunisce artisti, dal Seicento al Novecento, originari delle terre ticinesi o che comunque ebbero con esse stretti rapporti. Si componeva all'origine delle opere di quattordici artisti, raccolte e donate allo Stato nel 1966 da Giovanni Züst. A queste si sono aggiunti negli anni diversi acquisti, donazioni e depositi.