Qui di seguito sono riportati brevemente i principali svantaggi e rischi della mammografia di screening eseguita nell'ambito di un programma organizzato.

• Risultati Falsi positivi della mammografia
  La mammografia di screening può mostrare alcune anomalie, che, in seguito ad accertamenti diagnostici supplementari (es. ecografia, biopsia, risonanza magnetica), potrebbero rivelarsi di tipo benigno. È un effetto certamente indesiderabile ma ineluttabile, che avviene in circa 4 donne su 100 e che, peraltro, esiste anche nel caso di una mammografia opportunistica (ovvero quella eseguita al di fuori di un programma di screening organizzato). Poiché l'attesa del risultato degli esami aggiuntivi e della diagnosi definitiva (anomalia benigna versus anomalia maligna) può comportare un notevole carico psicologico per la donna interessata, l'obiettivo del programma di screening organizzato è ridurre al minimo il numero di falsi-positivi, tramite la garanzia di un elevato livello di qualità, quale il ricorso alla doppia lettura delle mammografie da parte di due Medici Radiologi qualificati e indipendenti.


• Cancro di intervallo
  Talvolta il tumore al seno può sfuggire alla mammografia di screening e può manifestarsi nel lasso di tempo che intercorre tra due esami mammografici (2 casi ogni 1000). Questi eventi, seppur rari, si verificano anche nel caso di una mammografia opportunistica. La donna o il suo medico di fiducia scopre un tumore al seno palpabile, mentre la mammografia più recente non ha rivelato nulla di anormale. In questi casi, si ri-esamina l'ultima mammografia di screening eseguita e si giunge alla conclusione che si tratta di un:
  • cancro occulto: il tumore è invisibile alla mammografia di screening per dimensioni troppo piccole o per elevata densità del seno (assenza di anomalie significative); questo rappresenta un limite intrinseco della mammografia ed è, quindi, inevitabile;
  • tumore ad evoluzione rapida, che si sviluppa in modo inaspettato tra una mammografia e l'altra: per abbattere il rischio di insorgenza dei tumori ad evoluzione rapida, si ricorre ad una sorveglianza personalizzata e più ravvicinata in caso di condizioni particolari (fattori genetici, storia famigliare positiva per tumore al seno);
  • falso-negativo: è presente effettivamente un'immagine sospetta che non è stata identificata per errore; si tratta, quindi, di un risultato negativo della mammografia di screening, che si rivela in seguito errato (20-25% di tutti i cancri di intervallo). A differenza dei cancri occulti e di quelli ad evoluzione rapida, per cui non è possibile intraprendere azioni correttive (limite intrinseco della mammografia), il programma di screening organizzato può ridurre al minimo il numero di falsi negativi,  tramite la garanzia di un elevato livello di qualità, quale il ricorso alla doppia lettura delle mammografie da parte di due Medici Radiologi qualificati e indipendenti.
• Sovra-diagnosi
  La mammografia di screening può, talvolta, portare alla diagnosi e al trattamento di tumori che non si sarebbero manifestati nel corso della vita di una donna in caso di mancata partecipazione allo screening (es. tumori in-situ a crescita molto lenta). In questi casi, il trattamento precoce può non migliorare il risultato definitivo, ma sono anticipate il momento della cura e la relativa preoccupazione. È bene precisare che è un fenomeno differente rispetto ai falsi positivi, in quanto si tratta di reali tumori della mammella che sono scoperti e successivamente trattati. Poiché la medicina non è ancora in grado di prevedere l'evoluzione clinica dei singoli casi, non è possibile astenersi dalla terapia e quindi abbattere il problema dell'eccesso di diagnosi, che peraltro può essere anche presente in caso di mammografia opportunistica.
  Seppur il tema della sovra-diagnosi sia oggetto di un intenso dibattito nell'ambiente scientifico, i casi di sovra-diagnosi rappresentano circa il 1-10% dei tumori diagnosticati.


• Esposizione alle radiazioni durante l'esecuzione della mammografia
  Grazie all'utilizzo di sistemi di mammografia di ottima qualità e ai controlli prescritti per legge, l'esposizione alle radiazioni (raggi X) è estremamente debole (0.4 mSv) rispetto ad altre fonti di radiazioni (vedi link). Il rischio, quindi, di indurre una malattia con le dosi e gli intervalli dei mammografi ad oggi in uso è trascurabile. Per le donne dai 50 anni d'età in poi, il rischio è valutato come nettamente inferiore rispetto ai benefici della mammografia.


• Ansia
  Come tutte le analisi mediche, l'attesa per l'esito della mammografia può generare un eventuale stato di ansia. Al fine di ridurre al minimo tale effetto, l'Ordinanza federale 832.102.4 del 23 giugno 1999 sulla garanzia della qualità dei programmi di diagnosi precoce del tumore del seno mediante mammografia prevede che il risultato della mammografia di screening sia reso noto alle donne entro 8 giorni lavorativi dalla data di esecuzione.