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Il laboratorio di patologia molecolare

Il laboratorio di patologia molecolare ha come scopo quello di adiuvare i patologi nella diagnosi delle malattie, principalmente di origine neoplastica, ed i clinici per un più adeguato monitoraggio del decorso della malattia e nella scelta di terapie chemio/radioterapiche. A tal fine vengono applicate tecniche di patologia e di citogenetica molecolare.

Patologia molecolare

Le analisi di patologia molecolare sono mirate all'individuazione di microrganismi, riarrangiamenti cromosomici, mutazioni ed altre anomalie geniche mediante PCR (Polymerase Chain Reaction), sequenziamento del DNA oppure analisi di frammenti. Oltre la rilevanza diagnostica, nel contesto di malattie neoplastiche, queste analisi forniscono informazioni prognostiche e predittive della risposta terapeutica a terapie mirate di nuova generazione. Una gran parte di analisi viene oggi effettuata avvalendosi di nuove tecnologie (Next Generation Sequencing, NGS) che permettono l’analisi simultanea di pannelli comprendenti fino a 400 geni. Tra le applicazioni emergenti segnaliamo la possibilità di utilizzare metodi di rilevazioni ultra-sensibili che permettono l’analisi di DNA tumorale nel sangue (“liquid biopsy”), evitando quindi in casi selezionati prelievi di tessuto invasivi per il paziente. Infine, sempre nel campo della patologia molecolare, esistono test specifici per il carcinoma del seno che basandosi sull’espressione genica tramite la rilevazione di molecole di RNA tumorale (Endopredict) forniscono informazioni prognostiche che possono essere utilizzate per stabilire la reale necessità di una chemioterapia adiuvante.

    Citogenetica molecolare

    Le analisi di citogenetica molecolare sono mirate alla caratterizzazione di specifiche anomalie geniche e di riarrangiamenti cromosomici mediante FISH (Fluorescence In Situ Hybridization), a scopo diagnostico, prognostico e predittivo della risposta terapeutica. Le applicazioni spaziano dalla rilevazione di alterazioni specifiche per alcuni linfomi oppure sarcomi, alla caratterizzazione di alterazioni predittive per la risposta a terapia mirate, ad esempio per il carcinoma del seno, del polmone oppure dello stomaco.

      Elenco delle analisi di citogenetica e biologia molecolare

      Esame genetico (compresa l’indicazione della malattia genetica)Metodo(i) utilizzato(i)Osservazioni, indicazioni
      Her2/neu (breast cancer): amplificazione genicaFluorescent in situ hybridization (FISH) su nuclei interfasiciL’amplificazione genica di Her2/neu è un marcatore predittivo di prognosi avversa, e di buona risposta a trattamento con Herceptin
      TOP2a (breast cancer: amplificazione genicaFluorescent in situ hybridization (FISH) su nuclei interfasiciL’amplificazione genica di TOP2a è un marcatore predittivo di buona risposta a trattamento con antracicline
      CCND1 (breast cancer): amplificazione genicaFluorescent in situ hybridization (FISH) su nuclei interfasiciL’amplificazione genica di CCND1 è un marcatore predittivo di prognosi avversa dopo trattamento con Tamoxifen. L’assenza dell’amplificazione genica di CCND1 è un marcatore predittivo di buona risposta a trattamento con Tamoxifen
      EGFR (colorectal cancer): amplificazione genica o polisomiaFluorescent in situ hybridization (FISH) su nuclei interfasiciUn aumentato numero di copie del gene EGFR è un marcatore predittivo di buona risposta a trattamento con Cetuximab nei tumori colorettali metastatici
      EGFR (high grade glioma): amplificazione genicaFluorescent in situ hybridization (FISH) su nuclei interfasiciL’amplificazione genica di EGFR è un marcatore diagnostico di glioblastoma primario
      1p36 & 19q13 (high grade glioma): perdita regione cromosomicaFluorescent in situ hybridization (FISH) su nuclei interfasiciLa perdita combinata delle regioni 1p36 e 19q13 è un marcatore diagnostico di oligodendroglioma.La perdita combinata delle regioni 1p36 e 19q13 è un marcatore predittivo di prognosi favorevole e di buona risposta alla chemioterapia
      EWSR (sarcoma): traslocazione t(22q21)Fluorescent in situ hybridization (FISH) su nuclei interfasiciLa traslocazione t(22q21) è un marcatore diagnostico di sarcoma di Ewing
      SYT (sarcoma): traslocazione t(18q11.2)Fluorescent in situ hybridization (FISH) su nuclei interfasiciLa traslocazione t(18q11.2) è un marcatore diagnostico di sarcoma sinoviale
      CHOP (sarcoma): traslocazione t(12q13)Fluorescent in situ hybridization (FISH) su nuclei interfasiciLa traslocazione t(12q13) è un marcatore diagnostico di liposarcoma mixoide
      FKHR (sarcoma): traslocazione t(13q14)Fluorescent in situ hybridization (FISH) su nuclei interfasiciLa traslocazione t(13q14) è un marcatore diagnostico di rabdomiosarcoma alveolare. La traslocazione t(13q14) è un marcatore predittivo di prognosi avversa
      IGH/CCND1 (mantle cell lymphoma): traslocazione t(11;14)Fluorescent in situ hybridization (FISH) su nuclei interfasiciLa traslocazione t(11;14) è un marcatore diagnostico di linfoma mantellare
      IGH/MYC (Burkitt’s lymphoma): traslocazione t(8;14)Fluorescent in situ hybridization (FISH) su nuclei interfasiciLa traslocazione t(8;14) è un marcatore diagnostico di linfoma di Burkitt
      MALT1 (MALT lymphoma): traslocazione t(18q21)Fluorescent in situ hybridization (FISH) su nuclei interfasiciLa traslocazione t(18q21) è un marcatore diagnostico dei linfomi MALT
      IGH/MALT1 (MALT lymphoma): traslocazione t(14;18)Fluorescent in situ hybridization (FISH) su nuclei interfasiciLa traslocazione IGH/MALT1 t(14;18) è un marcatore diagnostico di linfomi MALT in fegato, pelle, annessi oculari, ghiandole salivari
      API2/MALT1 (MALT lymphoma): traslocazione t(11;18)Fluorescent in situ hybridization (FISH) su nuclei interfasiciLa traslocazione t(11;18) è un marcatore diagnostico di linfoma MALT in stomaco, intestino, polmone, tiroide e mammella. La traslocazione t(11;18) è un marcatore predittivo di fallimento della terapia antibiotica per H. pylori
      IGH/BCL2 (follicular lymphoma): traslocazione t(14;18)Fluorescent in situ hybridization (FISH) su nuclei interfasiciLa traslocazione IGH/BCL2 t(14;18) è un marcatore diagnostico di linfoma follicolare
      BCL6 (diffuse large B-cell lymhoma): traslocazione t(3q27)Fluorescent in situ hybridization (FISH) su nuclei interfasiciLa traslocazione t(3q27) è un marcatore prognostico dei linfomi B diffusi a grandi cellule
      ALK (anaplastic large T-cell lymphoma): traslocazione t(2p23)Fluorescent in situ hybridization (FISH) su nuclei interfasiciLa traslocazione t(2p23) è un marcatore diagnostico e predittivo di prognosi favorevole
      IGH/CCND1 (multiple mieloma): traslocazione t(11;14)Fluorescent in situ hybridization (FISH) su nuclei interfasiciLa traslocazione t(11;14) è un marcatore predittivo di prognosi favorevole nel mieloma plasmacellulare
      Chr3, chr7, chr17 & CDKN2A (bladder cancer): aneuploidia e perdita genicaFluorescent in situ hybridization (FISH) su nuclei interfasiciLa perdita genica di CDKN2A e l’aneuploidia dei cromosomi 3, 7 e 17 sono marcatori diagnostici in pazienti sintomatici con tumore alla vescica, e sono marcatori per monitorare la ripresa di malattia
      EGFR (non-small-cell lung cancer): mutazioni puntiformiPCR e sequenziamentoMutazioni nel gene EGFR sono un marcatore predittivo di buona risposta a trattamento con Gefitinib/Erlotinib
      c-KIT (GastroIntestinal Stromal Tumours): mutazioni puntiformiPCR e sequenziamentoMutazioni nel gene c-KIT sono un marcatore predittivo di buona risposta a trattamento con Imatinib
      PDGFRA (GastroIntestinal Stromal Tumours): mutazioni puntiformiPCR e sequenziamentoMutazioni nel gene PDGFRA sono un marcatore predittivo di buona risposta o resistenza (a seconda del tipo di mutazione) a trattamento con Imatinib
      c-KIT (Acute myeloid leukemia): mutazioni puntiformiPCR e sequenziamentoMutazioni nel gene c-KIT sono un marcatore di resistenza a trattamento con Imatinib
      K-Ras (colorectal cancer): mutazioni puntiformiPCR e sequenziamentoMutazioni nel gene K-Ras sono un marcatore di scarsa risposta a trattamento con Cetuximab nei pazienti con tumore colorettale metastatico
      BRAF (colorectal cancer): mutazioni puntiformiPCR e sequenziamentoMutazioni nel gene K-Ras sono un marcatore di scarsa risposta a trattamento con Cetuximab nei pazineti con tumore colorettale metastatico
      IGH (B-cell lymphomas): riarrangiamento genicoPCR e analisi di frammentiIl riarrangiamento genico di IGH è un marcatore diagnostico dei linfomi a cellule B
      TcRb (T-cell lymphomas): riarrangiamento genicoPCR e analisi di frammentiIl riarrangiamento genico di TcRb è un marcatore diagnostico dei linfomi a cellule T
      Microsatelliti del pannello di Bethesda (colorectal cancer): instabilità dei microsatellitiPCR e analisi di frammentiL’instabilità dei microsatelliti è un marcatore predittivo di prognosi favorevole e di scarsa risposta a trattamenti chemioterapici standard
      TP53 (colorectal cancer): mutazioni puntiformiPCR e sequenziamentoMutazioni nel gene TP53 sono marcatori predittivi di scarsa risposta a radioterapia nei tumori rettali
      Chr18q (colorectal cancer): perdita di eterozigositàPCR e analisi di frammentiLa perdita di eterozigosità del cromosoma 18q è un marcatore predittivo di prognosi avversa per i pazienti con carcinoma colorettale classificati T3N0, suggerendo la loro inclusione nel trattamento con farmaci chemioterapici
      MGMT (glioblastoma): metilazione del promotorePCRLa metilazione del promotore del gene MGMT è un marcatore predittivo di prognosi favorevole e di buona risposta a trattamento con terapie a base di Temozolomide
      HPV (cervical cancer): tipizzazionePCR e sequenziamento o Restriction fragment Length Polymorphism (RFLP)La tipizzazione dei virus HPV è un marcatore diagnostico e prognostico

      MDM2 (sarcoma): amplificazione genica

      Fluorescent in situ hybridization (FISH) su nuclei interfasiciL’amplificazione genica di MDM2 è un marcatore diagnostico di liposarcoma
      ALK (non-small-cell lung cancer): riarrangiamentoFluorescent in situ hybridization (FISH) su nuclei interfasiciIl riarrangiamento nel gene ALK è marcatore predittivo di risposta a Crizotinib
      CDKN2A (mesothelioma): perdita genicaFluorescent in situ hybridization (FISH) su nuclei interfasiciLa perdita del gene CDKN2A è un marcatore diagnostico di mesotelioma