Le collezioni micologiche contano oggi più di 15'000 reperti, costituiti da funghi liofilizzati e da funghi essiccati.

Collezioni storiche

Agostino Daldini (1817-1895)

La collezione del frate e naturalista Agostino Daldini conta 1140 reperti essiccati, di cui 650 raccolti nel Cantone Ticino e gli altri provenienti da scambi o da acquisti all’estero. La collezione riveste un grande valore scientifico in quanto annovera 43 olotipi rispettivamente isotipi, tra cui Diatrype daldiniana De Not., Endothria daldiniana De Not., Nectria daldiniana De Not., Ascobulus daldinianus De Not.. Il suo nome è però rinomato per il genere Daldinia dedicato a lui dai suoi amici De Notarsi e Cesati.

La collezione è stata risistemata da tre micologi ticinesi che ne hanno anche curato la pubblicazione (Crivelli P., Petrini L. & O., 1981: A List of Daldini’s Fungus taxa deposited at the Museo Cantonale di Storia naturale in Lugano, TI (Switzerland). Sydowia 34: 49-81).

Alberto Franzoni (1816-1886)

La collezione dello statista e botanico Alberto Franzoni si compone di circa 1700 funghi essiccati e conservati nei fogli d’erbario originari.

Carlo Benzoni (1876-1961)

Carlo Benzoni, ferroviere per mestiere e naturalista per hobby, è considerato il padre della micologia ticinese. È conosciuto soprattutto per le sue numerose pubblicazioni e tavole a colori da lui disegnate. La sua collezione conta invece soltanto qualche dozzina di esemplari.

Collezioni moderne

La collezione dei funghi liofilizzati conta attualmente circa 2000 esemplari per un totale di 900 specie (soprattutto basidiomiceti). Questa collezione ha per lo più una funzione didattica, in quanto il processo di liofilizzazione permette di conservare forma e proporzioni dei funghi.

La collezione dei funghi essiccati conta attualmente circa 17'000 esemplari per un totale di 3'000 specie, l’80% dei quali raccolti in Ticino. 64 di questi reperti costituiscono materiale typus:

• Agaricus subfloccosus var. carassaii Musumeci var. nov., HOLOTYPUS
• Agaricus vaporarius (Pers.) Cappelli, NEOTYPUS
• Boidinia permixta Boidin, Lanq. & Gilles, HOLOTYPUS
• Clitocybe variabilicolor, Contu & Musumeci, HOLOTYPUS
• Clitocybe williamii, Musumeci & Contu, HOLOTYPUS
• Cystodermella lactea E.Musumeci, TYPUS
• Discina accumbens Rahm, ISOTYPUS
• Galerina subexcentrica nov.spec. M.Curti & E.Musumeci, HOLOTYPUS
• Gyromitra littiniana Riva, TOPOTYPUS
• Gyromitra spinosospora (Lucchini & Pelland.) Koch., Chr. & Lohm., HOLOTYPUS
• Hebeloma mesophaeum var. ochroniveum Quadr., PARATYPUS
• Hebeloma mesophaeum var. ochroniveum Quadr., ISOTYPUS
• Helvella juniperi M.Filippa & Baiano, TOPOTYPUS
• Hygrocybe corsica Candusso, HOLOTYPUS
• Hygrophorus agathosmus f. albus Candusso, ISOTYPUS
• Hygrophorus agathosmus f. albus Candusso, HOLOTYPUS
• Hygrophorus lucorum f. amethysteus Candusso, HOLOTYPUS
• Hygrophorus lucorum f. amethysteus Candusso, ISOTYPUS
• Hyphoderma mutatum (Peck) Donk, HOLOTYPUS
• Hyphoderma nemorale K.H. Larss., ISOTYPUS
• Lactarius cyanopus Basso, HOLOTYPUS
• Lactarius dhakurianus K.Das, Basso & J.R.Sharma, HOLOTYPUS
• Lactarius obscuratus var. subalpinus Basso, ISOTYPUS
• Lactarius obscuratus var. subalpinus Basso, HOLOTYPUS
• Lepiota contui, Musumeci & Vizzini, HOLOTYPUS
• Lyophyllum lanzonii Candusso, HOLOTYPUS
• Lyophyllum praslinense Colucci & Galli, ISOTYPUS
• Morchella varisiensis Ruini, ISOTYPUS
• Morchella varisiensis Ruini, TOPOTYPUS
• Morchella varisiensis Ruini, HOLOTYPUS
• Musumecia vermicularis, Musumeci, HOLOTYPUS
• Mycena fuligineipapillata Robich, TOPOTYPUS
• Mycena reinae, Musumeci & Robich, HOLOTYPUS
• Mycena ticinensis Robich, ISOTYPUS
• Parvobasidium bullatum Larss. & Martini, ISOTYPUS
• Pluteus variabilicolor Babos, ISOTYPUS
• Pseudotomentella rhizopunctata E.C. Martini & Hentic, ISOTYPUS
• Radulodon erikssonii, Ryvarden, ISOTYPUS
• Sarcoscypha austriaca var. lutea Ruini & Ruedl, HOLOTYPUS
• Scopuloides leprosa (Bourdot & Galzin) Boidin, Lanq. & Gilles, HOLOTYPUS
• Simocybe rhabarbarina, Poli, Musumeci & P. Alvarado, HOLOTYPUS
• Sistotrema adnatum, Hallenb., ISOTYPUS
• Sistotrema athelioides, Hallenb., ISOTYPUS
• Tephroderma fuscopallens, Musumeci & Contu, HOLOTYPUS
• Tomentella italica (Sacc.) M.J.Larsen, HOLOTYPUS
• Trappea darkeri var. lazzarii Ruini, HOLOTYPUS
• Trechinothus smardae (Pilát) E.C.Martini & Trichies, HOLOTYPUS
• Trichobelonium anatolicum Doğan & Intini, in Intini, Dogan & A.Riva, ISOTYPUS
• Tricholoma anatolicum H.H. Doğan & Intini, ISOTYPUS
• Tricholoma basirubens (Bon) A.Riva & Bon, HOLOTYPUS
• Tricholoma bonii Basso & Candusso, HOLOTYPUS
• Tricholoma bonii Basso & Candusso, ISOTYPUS
• Tricholoma cedretorum (Bon) A. Riva, HOLOTYPUS
• Tricholoma chrysophyllum A.Riva, C.E.Hermos. & Jul. Sánchez, HOLOTYPUS
• Tricholoma chrysophyllum A.Riva, C.E.Hermos. & Jul. Sánchez, ISOTYPUS
• Tricholoma ezcarayense C.E. Hermos. & Jul. Sánchez, ISOTYPUS
• Tricholoma leucoterreum Mariotto & Turetta, TOPOTYPUS
• Tricholoma leucoterreum Mariotto & Turetta, ISOTYPUS
• Tricholoma roseoacerbum A.Riva, PARATYPUS
• Tricholoma roseoacerbum A.Riva, HOLOTYPUS
• Tricholoma rufenum Donati, ISOTYPUS
• Tricholoma scalpturatum (Fr.) Quél., ISOTYPUS
• Tricholoma urbicum Ferrarese & Zaffalon, ISOTYPUS
• Volvariella terrea Musumeci & A.Riva, HOLOTYPUS

A partire dal 1996, con la costituzione del Gruppo per lo studio dei licheni in Ticino, il settore micologico ha iniziato a collezionare licheni allestendo un erbario generale di riferimento e una collezione didattica. Attualmente la collezione scientifica conta circa 2000 campioni e quella didattica 400, per un totale di 500 specie che forniscono preziose informazioni sulla flora lichenica cantonale. Oltre a queste collezioni di recente costituzione, è depositata al Museo la collezione lichenologica del medico bellinzonese Guido Kauffmann (1897 - 1972) che conta oltre 1500 reperti per un totale di 240 specie.