Il settore micologico è attivo nella realizzazione di mostre tematiche, come ad esempio Mixomiceti, amebe giganti, e di materiale didattico.

Per quanto concerne la protezione dei funghi, il Museo ha collaborato con l'Istituto federale di ricerca per le foreste, la neve e il paesaggio (WSL) alla pubblicazione del foglio informativo la Protezione dei funghi in Svizzera e con la Commissione svizzera per la protezione dei funghi (SKEP) alla pubblicazione del foglio informativo I funghi sono importanti e all'allestimento del poster delle 12 specie protette dall’Ordinanza federale.

Ha collaborato inoltre alla pubblicazione della Lista Rossa.