Si tratta della contaminazione legata a organismi viventi geneticamente modificati, patogeni o non autoctoni, per lo più introdotti accidentalmente che potrebbero prendere il sopravvento su quelli indigeni (ad esempio organismi geneticamente modificati o neofite invasive).

Anche le emissioni sperimentali possono provocare la dispersione nel suolo di organismi in grado di disturbare l’ecosistema.

Un'agricoltura intensiva e la silvicoltura possono avere un impatto significativo sulla biodiversità presente nel suolo a causa delle manipolazioni e dell’utilizzo di prodotti nocivi esponendo maggiormente il suolo ad altri processi di degrado.