L’Ufficio della protezione delle acque e dell’approvvigionamento idrico (UPAAI) svolge i seguenti compiti:

• promozione, consulenza, esame e approvazione dei Piani generali di smaltimento delle acque (PGS) comunali e consortili;
• attività connesse con la realizzazione delle opere di smaltimento e trattamento delle acque di scarico comunali e consortili: approvazione dei progetti, controllo dell'esecuzione, collaudo ed erogazione dei sussidi;
• sorveglianza e verifica periodica del funzionamento degli impianti di depurazione delle acque (IDA) e controllo della qualità delle acque di scarico mediante prelievi e analisi;
• verifica e gestione amministrativa dei piani di protezione delle acque sotterranee e delle carte dei settori e delle zone di protezione delle acque;
• rilascio di autorizzazioni e concessioni per la posa di sonde geotermiche e per l'utilizzo delle acque sotterranee a scopo potabile, termico, irriguo, agricolo e industriale;
• rilascio di autorizzazioni per l’abbassamento e gli scavi in falda;
• monitoraggio della qualità delle acque superficiali e sotterranee;
• esame degli aspetti di protezione e smaltimento delle acque di grandi opere (PTL, ATG, EIA, ...) e di progetti stradali;
• emissione degli ordini di revisione, nonché collaudo e notifica degli ordini  di aggiornamento dei depositi di liquidi nocivi alle acque e dei relativi apparecchi d'allarme, in particolare, dei depositi d'olio combustibile e benzina;
• rilascio delle autorizzazioni di scarico di acque industriali e artigianali e controllo dei sistemi di smaltimento e degli scarichi industriali mediante prelievi e analisi;
• esame dei progetti per l'installazione di nuovi impianti di pre-trattamento delle acque mediante la procedura delle domande di costruzione;
• controllo delle misure di prevenzione contro l'inquinamento delle acque con liquidi nocivi (disposizioni relative ai depositi di liquidi nocivi nelle acque);
• allestimento del Piano cantonale d'approvvigionamento idrico (PCAI), coordinamento e controllo della realizzazione delle opere previste. Collaudo e avvio delle procedure per l'ottenimento dei sussidi ai sensi della Legge cantonale sull’approvvigionamento idrico;
• coordinamento della realizzazione degli acquedotti dei comuni di montagna con forte interessenza agricola;
• nell'ambito dell'Ordinanza sulla garanzia dell'approvvigionamento con acqua potabile in situazioni di emergenza (OAAE) collaborazione con le aziende di distribuzione per l'attuazione dei disposti dell'OAAE.