La Sezione della Scuole comunali si occupa del settore delle scuole dell'infanzia (bambini dai 3 ai 6 anni), comunali e private parificate, e delle scuole elementari (allievi dai 6 ai 10 anni d'età), comunali e private parificate.

La Sezione, nel rispetto della legislazione scolastica e dei programmi ufficiali, garantisce, promuovendo e sostenendo iniziative che permettono di realizzare le finalità della scuola (articolo 2 della LS), la qualità della formazione per tutti, in un quadro di valori condivisi, rispettando le particolarità dei vari contesti e valorizzando le specificità di ogni operatore.

L'organizzazione del Servizio di sostegno pedagogico risponde ai bisogni di prevenzione e contenimento del disadattamento scolastico.

Le Unità scolastiche differenziate (USD) sono sezioni scolastiche complementari del sistema scolastico regolare volte alla prevenzione e alla rimediazione del disadattamento scolastico per allievi di scuola elementare. L'inserimento in una USD si rende necessario qualora le misure di intervento ordinarie si dimostrassero inefficaci. Gli allievi accolti dalle USD sono accomunati da un importante disadattamento scolastico attribuibile all'incapacità di autocontrollo delle emozioni (autoregolazione), alla mancanza di attenzione e alla difficoltà a relazionarsi con l'altro. Una sezione di USD accoglie in linea di massima un numero ridotto di allievi (dai 4 ai 7 bambini). L'insediamento nelle USD è assicurato da insegnanti e da pedagogisti che elaborano congiuntamente progetti educativi individualizzati. L'obiettivo ultimo delle USD è il rientro dell'allievo nella classe di origine.

Le USD presenti sul territorio cantonale sono quattro: Bellinzona, Muralto, Lugano e Vacallo.