Il Servizio archeologia collabora attivamente con diverse associazioni culturali attive sul territorio. Tra queste, si segnalano una collaborazione costante e una partecipazione attiva con l'Associazione archeologica ticinese (AAT), l'Associazione ricerche archeologiche nel Mendrisiotto (ARAM), Archeologia Svizzera (AS) e la Società Archeologica Comense (SAC).