Le Commissioni parlamentari hanno la funzione di preparare, presentando un rapporto, la discussione del Gran Consiglio sui singoli oggetti di sua competenza. Le Commissioni nominano ogni anno un presidente e due vicepresidenti.

Esse sono designate dal Gran Consiglio e si suddividono in generali, tematiche e speciali; quelle generali, con competenze e numero di membri fissati dalla legge, sono:

- la Commissione Gestione e finanze
- la Commissione Costituzione e leggi
- la Commissione Giustizia e diritti

Le Commissioni tematiche, istituite dal Gran Consiglio mediante regolamento, sono attualmente le seguenti:

- Sanità e sicurezza sociale
- Economia e lavoro
- Ambiente, territorio ed energia
- Formazione e cultura

Le Commissioni tematiche esistenti sono anch'esse composte di 17 membri.

Per l'esame di singoli oggetti il Gran Consiglio può inoltre istituire Commissioni speciali, stabilendone composizione e mandato.

Il Parlamento è inoltre tenuto a designare alcune Commissioni previste dalla Legge sul Gran Consiglio o da altre leggi, in particolare la Commissione per la sorveglianza delle condizioni di detenzione, le Commissioni per il controllo del mandato pubblico della Banca dello Stato e dell'Azienda Elettrica Ticinese (AET) nonché la Commissione di controllo su USI e SUPSI e la Commissione di controllo istituti ospedalieri ed EOC. Allorché eventi di grande portata istituzionale richiedano uno speciale chiarimento, il Gran Consiglio, sentito il Consiglio di Stato, può, a maggioranza assoluta dei suoi membri, istituire una Commissione parlamentare d'inchiesta.

La ripartizione dei seggi nelle Commissioni avviene in maniera proporzionale tra i gruppi nel medesimo modo in cui sono ripartiti i seggi in Gran Consiglio tra le diverse liste, ritenuto che ogni Gruppo parlamentare ha diritto ad almeno un rappresentante. Ogni Gruppo designa i commissari ai quali ha diritto, eventualmente anche tra i deputati non appartenenti al Gruppo e procede a eventuali sostituzioni durante il quadriennio.

Le Commissioni parlamentari si riuniscono periodicamente in seduta. I verbali e le sedute commissionali, a differenza di quelli parlamentari, non sono pubblici.