È l'ufficio della Sezione enti locali che si occupa della contabilità e della gestione finanziaria degli enti locali, le cui basi legali sono gli artt. da 151 a 180 LOC ed il Regolamento sulla gestione finanziaria e contabilità dei comuni.

L’Ufficio fa opera di consulenza in materia e rilascia le necessarie direttive. Vigila inoltre sull'evoluzione finanziaria dei comuni, prendendo visione dei conti comunali e allestendo un'apposita statistica finanziaria.

Partecipa agli studi dei progetti di aggregazione dei comuni in particolare occupandosi degli aspetti finanziari.

L'Ufficio della gestione finanziaria è inoltre incaricato dell’applicazione della Legge sulla perequazione finanziaria intercomunale: ogni due anni effettua il calcolo dell'indice di forza finanziaria dei comuni; determina il gettito di imposta cantonale dei comuni; calcola il contributo di livellamento della potenzialità fiscale da versare ai comuni beneficiari e da prelevare dai comuni paganti; calcola il contributo ricorrente per gli oneri derivanti dalla localizzazione geografica ed il contributo supplementare. Inoltre gestisce la procedura per l’erogazione degli aiuti agli investimenti. Infine determina il fabbisogno del fondo di perequazione stabilendo il contributo a carico di ogni comune.