Durante tutti gli anni Ottanta il Museo si vede affidato dal Dipartimento cantonale dell'ambiente l'incarico di occuparsi dei problemi emergenti legati alla tutela della natura. I curatori del Museo si ritrovano a collaborare all'elaborazione del Piano direttore cantonale, a redigere documenti monografici riguardanti la tutela di comprensori di particolare pregio quali, per esempio, il Monte Generoso e le Gole della Breggia e, non da ultimo, a operare nella progettazione e nella direzione sul campo di interventi di ripristino e di gestione di biotopi.

Il Museo espleta tali incombenze fino al 1991, quando viene istituito un Ufficio cantonale preposto alla protezione della natura (l'Ufficio protezione della natura, oggi Ufficio della natura e del paesaggio, UNP), del quale il Museo è oggi il consulente scientifico. Sono frutto della collaborazione tra il Museo, l'UNP e gli esperti locali per esempio i tre documenti programmatici Strategia cantonale per lo studio e la protezione di Anfibi e Rettili (1999), Strategia cantonale per lo studio e la protezione dei Chirotteri (2003) e Strategia cantonale per lo studio e la protezione degli Uccelli (2007).

Inventari, liste rosse, piani d'azione e altri documenti sui vertebrati del Cantone Ticino (allestiti con il coinvolgimento del settore Zoologia dei vertebrati)

• Inventario dei siti di riproduzione di Anfibi di importanza cantonale e locale (1988-1992, ultimo aggiornamento settembre 2012, schede e carte dei singoli oggetti, consultabile al Museo e all’UNP);
• Inventario degli spazi vitali di Rettili di importanza nazionale, cantonale e locale (1989-1994, schede e carte dei singoli oggetti, consultabile al Museo e all’UNP; revisione in corso, vedasi “Progetto Hot Spot rettili”);
• Inventario dei rifugi di chirotteri di importanza nazionale, cantonale e locale (1995-2002, aggiornamento regolare, schede e carte dei singoli oggetti, in aggiornamento continuo presso UNP e Centro protezione pipistrelli);
• I pipistrelli del Cantone Ticino (2002-2003, Atlante di distribuzione con schede e carte delle singole specie: MORETTI M. et al., 2003, Memoria STSN 6, 91 pp.).
• Banca dati degli Uccelli nidificanti nel Ticino (dal 1990, in collaborazione con Ficedula, in aggiornamento continuo, depositato presso Ficedula);
• Strategia cantonale per lo studio e la protezione degli Anfibi e dei Rettili – Principi e indirizzi (2003, in collaborazione con UNP, 30pp.);
• Strategia cantonale per lo studio e la protezione dei Pipistrelli – Principi e indirizzi (2003, in collaborazione con UNP, 43pp.);
• Schmidt B., Zumbach S., 2005, Lista Rossa degli anfibi minacciati in Svizzera, UFAFP Berna: 1-48.
• Monney J.-C., Meyer A., 2005, Lista Rossa dei Rettili minacciati in Svizzera, UFAFP, Berna: 1-46
• Strategia cantonale per lo studio e la protezione degli Uccelli – Principi e indirizzi (2007, in collaborazione con UNP, Ficedula, Stazione ornitologica svizzera, ASPU/BirdLife Svizzera e Fondazione Bolle di Magadino, 83 pp.).
• KARCH rapporti annuali Ticino (dal 1997).
• Inventario cantonale dei luoghi di riproduzione dell’avifauna rupestre (ICAR) - Progetto Pareti, Del Fante F., (dal 2010, aggiornamento annuale con rapporto al MCSN).
• Inventario cantonale delle colonie di rondoni (ICRON), ), Del Fante F., ASPU/BirdLife Svizzera in collaborazione con Ficedula e Cantone TI (dal 2010, aggiornamento regolare).
• Inventario dei luoghi di nidificazione storici e potenziali della Civetta sul Piano di Magadino, Del Fante F. , Ficedula, con il sostegno di ASPU/BirdLife svizzera, Vogelwarte, Ufficio della natura e del paesaggio (2004-2020).
• Mattei-Roesli M., Märki K., Maddalena T. & Bontadina F., 2007, Piano d’azione specifico per il Serotino comune (Eptesicus serotinus) nel Cantone Ticino. Ufficio della natura e del paesaggio, Dipartimento del territorio, Bellinzona. Rapporto non pubblicato.
• Mattei-Roesli M, 2013, Piano d’azione specifico per la Nottola di Leisler (Nyctalus leisleri) nel Cantone Ticino. Ufficio della natura e del paesaggio, Dipartimento del territorio, Bellinzona.
• Mattei-Roesli M., 2014, Piano d’azione specifico per il Vespertilio maggiore (Myotis myotis) nel Cantone Ticino. Ufficio della natura e del paesaggio, Dipartimento del territorio, Bellinzona.
• Knaus P., Antoniazza S., Wechsler S., Guélat J., Marton M., Kéry M., Strebel N., Sattler T., 2018, Atlante degli uccelli nidificanti in Svizzera 2013-2016. Distribuzione ed evoluzione degli effettivi degli uccelli in Svizzera e Liechtenstein, Stazione ornitologica svizzera
• Gestione dei pesci presenti nel sito di riproduzione anfibi di importanza nazionale Laghetto Pianca (Ogg. TI 284), Comune di Maggia. Bilancio gestione 2015-2021: Maddalena T. & Zanini M.: 1-12