Attualmente vengono analizzate le acque superficiali di 21 laghetti alpini 3 volte all'anno (inizio estate + 2 volte in autunno).

Il monitoraggio dei fiumi Maggia a Bignasco, Verzasca a Sonogno e Vedeggio a Isone avviene invece mensilmente.

I principali parametri analizzati sono:

conducibilità, alcalinità, pH, calcio, magnesio, sodio, potassio, ammonio, nitrato, solfato, cloruro, nitrito, fosforo, silice, zinco, rame, alluminio, carbonio organico disciolto.

Accanto all'analisi chimica, il programma di monitoraggio prevede pure la raccolta di macroinvertebrati, utilizzati come bioindicatori del recupero della qualità delle acque, nell'emissario dei laghetti Laghetto Inferiore, Laghetto Superiore, Lago di Tomè, Lago del Starlaresc da Sgiof (due volte all'anno) e nel fiume Verzasca a Sonogno (3 volte all'anno).

Analizziamo inoltre la chimica delle precipitazioni (conducibilità, alcalinità, pH, calcio, magnesio, sodio, potassio, ammonio, nitrato, solfato, cloruro) in 9 stazioni di misura (Acquarossa, Bignsco, Monte Brè, Locarno Monti, Lugano, Piotta, Robiei, Sonogno Stabio).