Le ricerche scientifiche geologiche e paleontologiche sul Monte San Giorgio sono gestite direttamente dal Museo col supporto della piattaforma scientifica che opera in stretta sinergia con lo stesso.

Il carattere trainante è assunto dal vincolo di collaborazione tra il Museo, l’Università di Losanna e la Scuola di dottorato ESPP (Earth Surface Processes & Palaeobiosphere). Quest’ultima unisce i ricercatori e i dottorandi di sei università svizzere che condividono lo stesso approccio scientifico: la caratterizzazione fisica, chimica e biologica dei sistemi ambientali del passato della Terra.
La collaborazione con la ESSP ha compreso un lavoro di dottorato (direzione: Prof. Peter.O. Baumgartner) svolto nel 2009-2012 presso il Museo e relativo alla evoluzione del bacino del Calcare di Meride.

Essa permette inoltre la condivisione delle specifiche conoscenze e l’applicazione di avanzate metodologie di studio quali, ad esempio, la geochimica degli isotopi stabili e delle sostanze organiche.

La collaborazione con l’Università dell’Insubria (Prof. Silvio Renesto) rappresenta l’espressione della cooperazione scientifica transfrontaliera tra i due istituti operanti sull’area di confine. Il Museo offre agli studenti dell’Università dell’Insubria la possibilità di svolgere un tirocinio di formazione ed orientamento nell’ambito di una precisa convenzione esistente tra i due istituti.
La collaborazione comprende inoltre lo svolgimento di tesi di laurea sulla paleontologia dei vertebrati del Monte San Giorgio, in corso presso il Museo (direzione: Prof. Silvio Renesto).

Attualmente, la piattaforma scientifica comprende inoltre:

• Prof. Bernoulli Daniel
  Universität Basel, Geologisches Institut, Basel
• Dr. Furrer Heinz
  Universität Zürich, Paläontologisches Institut und Museum
• Dr. Kustatscher Evelyn
  Naturmuseum Südtirol, Bozen, Italia
• Dr. Lòpez-Arbarello Adriana
  Bayerische Staatssammlung für Paläontologie und Geologie, München, Germania
• Dr. Martini Rossana
  Universitè de Géneve
• Prof. Rettori Roberto
  Università degli Studi di Perugia, Dipartimento di Scienze della Terra, Italia

A questi si aggiungono continui rapporti di scambio scientifico con altre istituzioni.