La collezione di Molluschi si compone di tre distinte sezioni. La prima raccoglie 6'500 esemplari appartenenti a oltre 890 specie marine (Bivalvi, Gasteropodi, Scafopodi, Cefalopodi, Poliplacofori), per la maggior parte risalenti alla fine dell'800. La seconda, di carattere generale, ospita gli esemplari raccolti sul territorio cantonale soprattutto nel '900 (7'800 esemplari, 149 specie). La terza, radunata in anni di lavoro dal malacologo Hans Turner, si compone di ca. 15'000 esemplari appartenenti a 780 specie, per lo più provenienti dalla Svizzera e dalle zone limitrofe: tale collezione contiene altresì il materiale di riferimento dell'Atlante dei molluschi della Svizzera.