La legislazione svizzera in materia di protezione delle acque sotterranee si prefigge di ridurre al minimo la necessità di trattamento delle acque emunte ed erogate a scopo potabile; si tratta quindi di garantire che le risorse idriche sotterranee restino vicine allo stato naturale sia dal punto di vista qualitativo sia da quello quantitativo (con riferimento ai principi menzionati nell'All.1 cifra 2 OPAc).

Per adempiere a tale scopo, in Svizzera, svariati programmi di monitoraggio vengono condotti con obiettivi e su scale differenti. 

Per ottemperare al suo mandato legale, la Confederazione gestisce diversi programmi di sorveglianza delle acque.

La rete nazionale di osservazione della qualità delle acque sotterranee (denominata NAQUA) conta più di 600 stazioni di misura dislocate sul territorio svizzero. Il programma NAQUA costituisce la base di partenza per la salvaguardia delle risorse idriche sotterranee e permette in particolare di controllare l'efficacia delle misure di protezione messe in atto (p. es. misure ecologiche in ambito agricolo) ed esaminare la necessità di adottarne altre di più ampia portata.

Ai Cantoni incombe la sorveglianza degli acquiferi allo scopo di proteggerli e pianificare un loro utilizzo sostenibile.

Per questo, l'acquisizione dei parametri sia quantitativi (livello piezometrico) che qualitativi (chimismo e batteriologia) rappresenta il presupposto per la caratterizzazione e classificazione delle principali risorse idriche regionali. L'osservazione su un lungo periodo permette inoltre di riconoscere l'impatto delle attività antropiche sugli acquiferi maggiormente sfruttati.

Nel Cantone Ticino il monitoraggio della qualità delle acque potabili è condotto dal Laboratorio Cantonale nelle principali captazioni d’interesse pubblico, distribuite in tutto il territorio. 

In aggiunta, l’Ufficio della protezione delle acque e dell’approvvigionamento idrico (UPAAI), l’Ufficio del monitoraggio ambientale (UMAM) e l’Istituto scienze della Terra (IST) sorvegliano la chimica delle acque sotterranee dei principali acquiferi del Cantone Ticino grazie a una rete disegnata tenendo conto dei principali fenomeni fisici naturali che determinano la qualità delle acque sotterranee per gli acquiferi considerati. I risultati della campagna di monitoraggio 2012-2015, elaborati in collaborazione con l'Istituto scienze della Terra (IST) della SUPSI, sono pubblicati nel rapporto di sintesi seguente:

• Monitoraggio chimico delle principali risorse d’acqua sotterranea del Canton Ticino, gennaio 2021

Dal 2013 l'IST conduce inoltre un monitoraggio delle quote piezometriche dei principali acquiferi del Cantone. I dati registrati nelle sonde automatiche sono visibili sull’Osservatorio Ambientale della Svizzera italiana (OASI).

Gestori e/o proprietari di impianti per l'approvvigionamento di acqua potabile sono obbligati a verificare la qualità dell'acqua distribuita, secondo le disposizioni legali sulle derrate alimentari. Lo scopo è di garantire la continua potabilità e individuare tempestivamente la presenza di sostanze problematiche.

In qualità di ente di controllo il Laboratorio cantonale conduce annualmente un programma di sorveglianza delle acque erogate a scopo potabile.
                                                                     
Altre campagne di monitoraggio sono frutto della collaborazione tra gli Uffici della SPAAS e indagano temi puntuali quali: 

• sorveglianza di discariche e siti inquinati;
• sorveglianza di cantieri importanti (AlpTransit; risanamenti autostradali e ferroviari, ecc.)