Il Lago Ceresio è caratterizzato dalla suddivisione in due bacini lacustri principali: il bacino Nord, porzione settentrionale più profonda che si estende da Porlezza fino a Melide-Bissone e il bacino Sud, porzione meridionale meno profonda che si estende da Capolago ad Agno.

Il Ponte diga segna la separazione tra Bacino Nord e Bacino Sud.

Vi è inoltre il Bacino di Ponte Tresa, collegato al bacino Sud dallo stretto di Lavena.

La qualità delle acque del lago Ceresio è in costante miglioramento come confermato dai monitoraggi svolti in ambito CIPAIS.

In particolare per il fosforo, nutriente che controlla la crescita algale, si osserva una costante diminuzione delle concentrazioni in tutto il lago.

Nel 2019 nel bacino sud è stata rilevata una concentrazione media sulla colonna di fosforo totale pari a 31µg P/l; si tratta del valore più basso registrato dall’inizio del monitoraggio regolare del lago (1980), prossimo all'obiettivo di risanamento di 30 µg P/l.

Nel bacino nord, all’interno dello strato 0-100 m che circola regolarmente, la concentrazione media è ancora più bassa: 23 µg P/l. Malgrado gli obiettivi di qualità prefissati siano stati pressoché raggiunti, il Ceresio manifesta tuttavia ancora numerosi sintomi di eutrofizzazione, in particolare fioriture algali improvvise e abbondanti, circolazioni invernali parziali e carenza di ossigeno sul fondo.