Il museo è situato nella Casa del Padre sorta nel tardo '400 per iniziativa del frate francescano Bartolomeo Piatti d'Ivrea, fondatore del Sacro Monte nel 1480; esso trasmette le conoscenze sulla cultura del luogo, affidato alle cure dei frati cappuccini dal 1848.

Il percorso espositivo si snoda lungo otto sale disposte su due piani e illustra la storia del complesso letta nel più ampio contesto dei Sacri Monti prealpini attraverso disegni, stampe e fotografie storiche e custodisce i tesori collezionati dai frati nel corso dei secoli.

Tra le opere esposte, databili dal XVII al XX sec., si trovano arredi d'altare, reliquiari, vesti liturgiche e utensili d'uso quotidiano legati alla vita conventuale.

Vi è conservata anche la più ricca collezione di ex voto dipinti del Cantone Ticino risalenti perlopiù ai sec. XIX e XX, tra cui spiccano quelli di Giovanni Antonio Vanoni (1810-1886).

Al pittore Antonio Ciseri (1821-1891) sono inoltre dedicate due sale con dipinti e disegni legati all'esecuzione della monumentale tela con il Trasporto di Cristo al sepolcro (1864-1870), conservata all'interno del Santuario.