Tra le cause principali che spiegano il declino delle popolazioni di gambero di fiume italiano osservato in questi ultimi decenni vi è senza dubbio l’alterazione, il degrado e la frammentazione dei corsi d’acqua. Interventi come canalizzazioni e arginature riducono drasticamente sia l’offerta alimentare, sia la disponibilità di rifugi in cui trovare riparo.

La tendenza attuale è tuttavia quella di riqualificare, attraverso interventi di rivitalizzazione, i corsi d’acqua degradati rendendoli così di nuovo favorevoli alla fauna ittica, ai macroinvertebrati acquatici e naturalmente anche ai gamberi indigeni. 
I gamberi autoctoni sono anche molto sensibili agli inquinamenti causati da metalli pesanti, pesticidi, erbicidi e fertilizzanti.

Anche l’inquinamento di tipo organico indebolisce i gamberi rendendoli più sensibili alle malattie, inoltre altera l’equilibrio dei corsi d’acqua diminuendo il carico di ossigeno e modificando la composizione dei macroinvertebrati acquatici.
Un'altra minaccia risiede nelle elevate temperature delle acque. La soglia massima di sopportazione per il gambero indigeno è situata attorno ai 22°C, ancora più sensibile della trota fario. Il riscaldamento delle acque è accentuato dai cambiamenti climatici in corso, che creano sempre più prolungati periodi di siccità e temperature dell’aria mediamente più elevate, fenomeno ulteriormente aggravato in presenza di captazioni nei canali di pianura per scopi irrigui.

I gamberi indigeni riescono a sopportare solo brevi periodi di prosciugamento del corso d’acqua e in caso di necessità possono anche spostarsi sulla terraferma per cercare microclimi più favorevoli. Anche le piogge torrentizie sempre più frequenti e intense posso causare danni importanti alle popolazioni di gamberi indigeni.
Particolarmente impattante per il gambero indigeno è pure l’introduzione di specie di gamberi esotici che possono causare in poco tempo l’estinzione della popolazione indigena con cui entrano in contatto, a causa della competizione ma anche e soprattutto perché possono veicolare l’Aphanomyces astacii, un fungo mortale per le specie autoctone che causa la peste del gambero.