Analogamente a quanto possiamo osservare nel contesto degli animali vertebrati, anche le api sono soggette a numerose malattie infettive, causate da batteri, virus e parassiti.

Le malattie ufficiali classiche sono la peste americana e la peste europea, entrambe di origine batterica. Queste malattie sono oggetto di misure di lotta in base all'ordinanza federale sulle epizoozie (OFE).

La malattia più diffusa è la varroasi, un'infestazione causata dall'acaro Varroa destructor. L'OFE prevede un obbligo di notifica della malattia al veterinario cantonale. Ogni apicoltore deve mettere in atto le misure necessarie per limitare il tasso di infestazione di questo parassita all'interno dell'apiario. 

Le altre malattie ufficiali delle api sono causate dagli acari Acarapis woodi e Tropilaelaps spp., e sono soggette all'obbligo di notifica da parte dei laboratori di analisi.

Una nuova minaccia è costituita da un piccolo coleottero denominato Aethina tumida. La sua presenza è stata osservata nel Sud Italia nella seconda metà del 2014. La situazione a livello internazionale è seguita attentamente e una rete di monitoraggio sul terreno è stata istituita nel nostro paese.

Ogni sospetto di malattia ufficiale va notificato all'ispettore degli apiari, che procede all'ispezione delle colonie e al prelevamento di campioni per l'esame di laboratorio.

In caso di conferma di peste americana o di peste europea, l'Ufficio del veterinario cantonale ordina - su proposta dell'ispettore - il sequestro di zona.