L'inquinamento biologico consiste nella contaminazione dovuta a organismi geneticamente modificati, patogeni o non autoctoni, introdotti per lo più accidentalmente e che possono prevalere sulle specie indigene (ad esempio organismi geneticamente modificati o neofite invasive).

Anche le emissioni sperimentali possono causare la dispersione nel suolo di organismi in grado di alterare l'ecosistema.

Un'agricoltura intensiva e determinate pratiche silvicole possono avere un impatto significativo sulla biodiversità presente nel suolo, a causa delle manipolazioni e dell'utilizzo di prodotti nocivi, rendendo il suolo più vulnerabile ad altri processi di degrado.