La questione della capitale si pone immediatamente dopo la creazione del nuovo Stato nel 1803. L'Atto di Mediazione di Napoleone la stabilisce a Bellinzona, ma i luganesi non ci stanno e inducono il Gran Consiglio a votare una risoluzione per spostare il capoluogo cantonale in riva al Ceresio. Lugano offriva di ospitare gli uffici governativi nel "pubblico e grandioso suo Palazzo", disposta anche ad assumere le spese di alloggio per i deputati provenienti da fuori città, mentre giudicava Bellinzona un luogo "angusto, povero, mal sano, senza pubblici locali, e con pochissimi alberghi", dove i rappresentanti del Ticino sarebbero andati a "rovinarsi od a perire", avvelenati dal clima insalubre delle paludi formate dal fiume Ticino non ancora incanalato.

La querelle, sottoposta dai due centri contendenti all'"immortal Bonaparte" per mezzo di una serie di libelli, si inserisce nella più ampia logica delle gelosie regionalistiche d'antica tradizione, che il nuovo Stato non poteva sopire in breve con un atto d'ufficio.

Il nodo sarà poi sciolto dalla nuova Costituzione del 1814, che sanciva il principio della capitale itinerante ogni sei anni tra Bellinzona, Lugano e Locarno, estrema concessione a un esasperato regionalismo dalle radici profonde. Solo nel 1878 Bellinzona verrà designata in via definitiva capitale stabile del Cantone.