L'afta è causata da un virus della famiglia Picornaviridae, genere Aphthovirus.
Si conoscono 7 sierotipi diversi del virus aftoso:

• O (Dipartimento dell'Oise)
• A (Allemagne=Germania)
• C
• Asia1
• SAT1
• SAT2
• SAT3 (South African Type)
• diversi sottotipi.

Il grado di virulenza dipende dal sierotipo. Non si sviluppa nessuna immunità incrociata tra i diversi sierotipi.

Nel latte crudo o in prodotti non pastorizzati, nella carne congelata o in salamoia il virus può persistere per mesi, nel letame o nel colaticcio fino a due settimane. Il virus è molto resistente nei confronti dell'essiccamento, del freddo o di elevate concentrazioni saline; viene però inattivato rapidamente da disinfettanti acidi (pH  minore di 6), dalla luce solare (raggi UV) e da temperature elevate (sopra i 50°C).