La diagnosi di sospetto si basa sulla presenza di afte e vescicole sulle narici, sulla lingua e nella cavità orale, negli spazi interdigitali, contemporaneamente in più animali di un'azienda.

La diagnosi definitiva si basa sull'esame virologico e sierologico (ricerca del virus e/o degli anticorpi). L'unico laboratorio in Svizzera abilitato ad eseguire queste analisi è l'Istituto di virologia ed immunoprofilassi dell'Ufficio federale di veterinaria, a Mittelhäusern.

Le principali malattie da considerare come diagnosi differenziale sono la malattia vescicolare dei suini e la stomatite vescicolare (bovino, maiale).