Il periodo d'incubazione della malattia varia da 2 a 8 giorni, ma può durare fino a 20 giorni. Tutte le secrezioni corporee possono contenere il virus già durante il periodo d'incubazione. Il virus dell'afta, soprattutto in condizioni climatiche e ambientali favorevoli (freddo umido e vento), può sopravvivere a lungo ed essere veicolato su lunghe distanze.

La trasmissione può avvenire nei modi seguenti:
per contatto diretto, all'interno delle aziende colpite e attraverso lo spostamento degli animali da una fattoria all'altra;
per contatto indiretto, attraverso materiale, veicoli, persone o foraggi contaminati (prodotti derivati dalla lavorazione della carne, rifiuti della ristorazione, prodotti lattieri).

Il Nord America, l'America Centrale, l'Australia, la Nuova Zelanda, il Giappone e l'Europa Occidentale sono ufficialmente esenti. La malattia è tuttora endemica in molte regioni del mondo, e presente con vari sierotipi. Nel 1993 sono stati segnalati casi in Italia, Bulgaria, e Russia; nel 1996 in Albania, Macedonia, Serbia, Montenegro (tipo A22; nuovo: A Iraq) come pure in Bulgaria, Turchia e Grecia (tipo 0). La Svizzera è ufficialmente esente dall'afta dal 1980.

Il 20 febbraio 2001 è stato diagnosticato un caso di afta epizootica in suini macellati in Inghilterra, presso Craig Kirby, OVS. La causa probabile dell'infezione è attribuita al foraggimento dei maiali con scarti di cucina provenienti dalla ristorazione, contenenti alimenti di origine animale (carni) importati da paesi asiatici dove la malattia è diffusa (probabilmente Cina). È noto che nei prodotti di origine animale il virus può sopravvivere e rimanere infettivo per varie settimane.

Prima che la malattia potesse essere diagnosticata, animali dell'azienda infetta sono stati venduti ad altre aziende, che a loro volta hanno subito il contagio. Dai suini la malattia si è propagata agli ovini, nei quali i sintomi sono poco manifesti e la malattia più difficile da diagnosticare. È stato soprattutto attraverso il commercio e i mercati di ovini che la malattia si è diffusa ulteriormente, assumendo la forma di una vera epidemia.

Il bilancio finale dell'epizoozia è impressionante:

• oltre 2'000 aziende contagiate
• oltre 4 milioni di animali macellati (83% ovini, 14% bovini)
• 1,1 miliardi di sterline di indennità versate ai proprietari di animali (di cui il 61% per la macellazione di bovini).