La gravità delle manifestazioni cliniche dipende dal sierotipo virale in causa (patogenicità del ceppo virale), dalla razza dell'animale e anche dalla luce solare (se le pecore sono tenute al riparo dalle radiazioni solari le lesioni congestizie sono meno evidenti). La mortalità è elevata e può raggiungere il 30%, soprattutto nelle razze ovine europee (Merino). Dopo un periodo d'incubazione di circa 4-8 giorni (possibile influenza della dose virale ricevuta), le pecore infettate presentano, con varia frequenza e gravità, i seguenti sintomi che corrispondono alla fase acuta della malattia:

• febbre (anche fino a 42.0°C)
• malessere
• congestione ed emorragie puntiformi con evoluzione verso l'ulcerazione e la necrosi delle labbra e del muso, nella cavità boccale, in particolare delle gengive e della faccia interna delle labbra (stomatite ulcero-necrotica)
• edemi delle labbra e della lingua possono estendersi alla testa, in particolare alle palpebre e alle orecchie (edema della faccia)
• lingua edematosa e a volte cianotica (da qui la denominazione "malattia della lingua blu")
• forte salivazione conseguente alla presenza di lesioni nella bocca; spesso saliva schiumosa
• scolo nasale, inizialmente sieromucoso, in seguito mucopurulento; intorno alle narici si formano croste che, se rimosse, evidenziano una superficie erosa
• difficoltà nell'ingerire il foraggio dovuta alle lesioni orali
• zoppicamento da infiammazione a livello del cercine coronario degli zoccoli
• polmonite
• aborto
• perdita della lana
• mortalità 10-12 giorni dopo l'inizio della malattia o guarigione molto lenta (malattia molto debilitante) con alopecia, sterilità, qualità della carne alterata e crescita ritardata.

Non esiste cura, il trattamento può essere solo sintomatico.

La forma subclinica, rara in Europa, si incontra quasi esclusivamente in razze indigene e si traduce con una sintomatologia attenuata, sovente con una sindrome febbrile di corta durata. Queste forme sono più frequenti nelle zone enzootiche (Africa).

L'infezione é generalmente inapparente, ma determinati sierotipi provocano gravi manifestazioni cliniche anche nei bovini (BTV-8).